《队长小翼：新秀崛起》里提供了剧情，对战，角色和队伍编辑这几个主要的游戏模式。本文将对这些游戏模式做简单的介绍。
剧情模式
为了让玩家体验原作的故事和系统，在剧情模式里准备了两部内容。其一是TV动画版所描述的国中篇EPISODE OF TSUBASA。其二是描述其后续发展的游戏原创故事EPISODE OF NEW HERO。
EPISODE OF TSUBASA
在EPISODE OF TSUBASA模式中，玩家要操作足球强校“南葛国中”，在与众多强敌之间的激战中胜出，以达成全国大赛三连霸为目标。
故事由以对话短剧构成的冒险部分，以及体验比赛过程的动作部分构成。在这个模式里，只要满足比赛中提示的特定条件，就能重现TV动画版的剧情。此外作为动作游戏特有的要素，比赛有时会因为玩家操作的差异，让比数、过程以及结局跟塬作有所不同，请务必亲手抓住属于自己的“全国大赛三连霸”的梦想。
EPISODE OF NEW HERO
EPISODE OF NEW HERO模式又分为新主角和世界挑战两个篇章。
在NEW HERO篇中，玩家将作为主角在“富良野国中”、“武藏国中”或“东邦学园”之一就读一年级。 在校园生活中与各校主力选手培养友情，并实现在选拔日本代表的大赛“NEW HERO LEAGUE”全胜并打倒“南葛”的目标。
在WORLD CHALLENGE篇中玩家将做为全日本青年队的一员， 参加全新的世界大赛“世界青年挑战赛”。大会中除了世少篇登场的选手外，也有其他新选手登场，玩家将迎接充满未知的挑战。你需要在与全日本青年队的代表选手们及各国强敌间的交流、激烈的挑战的过程中获得成长，以成为世界第一的队伍为目标前进。
对战模式
在对战模式中，玩家可以选择自己喜欢的队伍，进行单机最多4人的对战。对战的类型有三种。单场比赛，PK赛（点球大战）和冠军赛。
单场比赛是标准的单场竞技模式。
PK赛中，玩家选定踢球的球员和顺序后，将由前5轮进球多的一方获胜。
在冠军赛中，玩家可以设定比赛的形式，包括赛制（循环赛/淘汰赛），队伍数量（4-16），电脑等级，半场时间，然后展开整场赛事。
终极编辑
在这个模式中，玩家可以对自订角色和自订队伍做各种各样的编辑。通过游戏内获得的PP点数，还可以获得各种道具。
在角色编辑中，玩家可以编辑自订角色的名字、外表、行动等。部分既有角色也可以进行编辑。
在队伍编辑中，玩家既可以编成完全属于自己的队伍，包括选手、队名、队徽、制服、背号等。自订队伍可以在本地对战和网络对战中使用。玩家也可以对既有队伍进行调整。
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