1、波克比的出现是作为小霞遮挡腹部用，以应对欧美国家的动画审查。万万想不到波克比竟然是因为这个原因才成为小霞的神奇宝贝....

2、在动画无印篇，制作组曾因为考虑到海外观众可能会对小刚东洋人的形象有意见，所以在橘子联盟篇安排小刚离开小智一行人，但意外的是小刚的人气反而很高，于是相反他成为了所有跟随小智的同伴中持续时间最长的一位。

3、第一世代的火焰鸟曾被许多玩家诟病，三神鸟在51级皆有新招式可以学习，急冻鸟可学会暴风雪，闪电鸟可学会打雷，但是火焰鸟却是学会瞪眼而不是威力相同的大字爆。

后来招数内部代码经过解码，才发现到可能初始的程序员打错一个位数，把喷射火焰变成了瞪眼

4、大葱鸭是第一个被形容为能够成为人类食物的神奇宝贝，但是由于伦理原因所以之后这一设定鲜少被提及。

5、由于第一世代的神奇宝贝主系列游戏没有女性主角，所以与GAME BOY本身的名称被女性玩家群体认为是歧视女性玩家，引起了很大的不满，为了缓和这种气氛，在动画版初期选定主角神奇宝贝时则侧重于选择比较可爱的神奇宝贝，于是制作团队便选择了皮卡丘。

6、原本火箭队三人组设计出来是为了代表第一世代游戏内初期出现的火箭队队员，但是一直以来的高人气导致火箭队三人组一直没有撤下。

也就是说火箭三人组其实是代表第一世代的反派队员而出场。然后第二世代，第三世代都会有别的反派队员来替代。所幸因为他们的搞笑，人气大大提高。坦白说，神奇宝贝动画没有火箭队的话，已经不是用失色不少来形容，可能还会让我失去看神奇宝贝的兴趣。

7、雷丘在第一世代的图鉴介绍中提到了“印度象”来表明其电击猛烈程度，这种提到现实中动物的情况在游戏图鉴中非常少见。

我们无论在游戏，动画等，现实动物往往几乎都是不存在的。除了鱼，虫(拿来钓鱼)除外。不过在第一代，可能没什么概念，或者没有仔细了解，才提到“印度象”

8、梦幻作为注册商标的历史比整个神奇宝贝游戏的历史还早

梦幻虽然比整个神奇宝贝游戏历史还早(第一个被创造出来的神奇宝贝是铁甲暴龙)，不过可能一直都被当作废案来处理，甚至还干脆被后来的超梦来替代。不过所幸，森本茂树很不客气地把利用debug后剩余的ROM空间，梦幻被秘密强行加入游戏中作为测试神奇宝贝。所以，正常流程中是无法见到梦幻的，只有部分发生了错误的游戏片能够偶然遇到梦幻的图鉴。

由于梦幻的神秘性，那个时候的玩家都以为梦幻是一个游戏彩蛋，一度成为话题，也带动了神奇宝贝红绿版低迷的销量，为此任天堂组织大量赠送梦幻的活动，由此开始了举办活动并赠送传说中的神奇宝贝的滥觞，而且因此开始几乎每部作品中都存在除活动赠送外无法捕捉的梦幻之神奇宝贝。

这可以说是神奇宝贝的最为人知的黑历史，不过因为梦幻的存在带动了那个时候神奇宝贝的销量，因此才那么著名。甚至还是梦幻带动赠送神奇宝贝活动的先例～

9、3D龙事件

这个我更加相信每个人都知道过。1997年2月16日播送的神奇宝贝无印篇电脑战士3D龙因为为了配合主要的“电脑世界”场景，爆炸的闪光都以红→蓝→红→蓝代替，后又为了达到震撼效果，使用的闪烁技术的频率也比以往的高，加上审查关员都是成年人，觉得没问题。怎么知道一时疏忽导致日本685名小朋友都陷入昏迷。

可能为了害怕被人回想不堪的回忆，过去还是黑历史。官方采取了不少行动，例如把原本3D龙的分类“CG神奇宝贝”改成“假象神奇宝贝”。还有3D龙还有他的进化也从没有在动画出现过。难道是为了怕引起当年的受害者或者家长的抗议以及反感?不过我觉得3D龙很可怜就是，可怜之处在于它根本没错，但竟然因为当年他们的疏忽，竟然封杀(动画)了那么多年

10、鲤鱼王=大凶残?

众所皆知，大凶残这称号不是指和他的模样非常贴切的暴鲤龙，相反而是其为进化型的鲤鱼王。为何会有这样的称号，在于曾经有人用1只鲤鱼王Ko小智。还有在某一届有人用6只大凶残来鄙视对手。还有你可以在一些对话得知，鲤鱼王在远古时期，，因为未知原因发生变异(辐射?)，而开始变得非常弱，弱得要15级才可以学到撞击

11、神奇宝贝动画最最早计划是只播出一年半(18个月)，后来因为动画持续的高人气而决定一直制作下去。

原来当初神奇宝贝动画一开始的计划只是1年半，短期制作。同样因为高人气的原因，动画制作长达整18年，到现在。难道那个时候神奇宝贝没想过会出第二，第三甚至更后面的世代0　0?

还有　，神奇宝贝动画为了让剧集能够贯穿游戏版本的生命周期，常会在主线的道馆战剧情之间填充大量其它剧情，导致小智一行人旅行时经常出现几十集都走不到下一个城市的现象，如切锋市到滨海市间隔了52集。

12、大木博士(好吧，这个不是黑历史XD)

不知道有人发觉么，大木博士在年轻的时候可能是一名强劲的训练家，后来转去做研究院，才逐渐弱下来了(失去争斗心)。最早的纪录，在于四天王菊子的对话，可以很清楚得知大木博士以前很风光。或者神奇宝贝特别篇的回忆更加知道大木博士以前还是个冠军。

还有电影版-雪拉比 穿梭时空的相遇的雪成，可以得知大木博士的名字，还有初始神奇宝贝是火恐龙。也解释了为什么大木博士会给与小智皮卡秋作为初始训练家的神奇宝贝的原因。但是，当我得知大木博士是雪成的时候，自然会联想了不少东西。

大木博士在年轻的时候，认识了小智

也就是说，他很清楚小智的存在。当他年老之后见到小智，不会大惊一跳?但是他依然那么淡定，而且都是同为真新镇的居民。怎么想都有古怪地说...

13、白银山的小智

好吧，源自都市传说。由于第二代的小智，从头到尾都不说话，再加上一打败他，他就会消失，因此引发了好多网友的各种猜想。不过后来，官方为了破除这个谣言，在心金魂银版中小茂会告诉玩家他有和小智联络。但无论如何，依然还没和大家正面回应为什么二代小智不说话，这个都市传说都传了蛮久，但官方一直不予置评，究竟里面是否有我们不为人知的原因那就不知道了

14、耿鬼

都市传说其中一个非常有名的。耿鬼原型是中桥高洋，原因在枯叶港上对卡车使用秘传技学习器，画面会出现「GENGAA HA NAKAHASHIKOYO」的字样，转成日文就是「けんがあ　は　なかはしこうよう」。用「原画是中桥高洋」或是「耿鬼是中桥高洋」，但后来在结尾没发现到中桥高洋的名字，因此又造成了一个“传说”。

其实耿鬼Gengar的名字原文根据推测应该是来自於德语的Doppelgänger的变异，据说德国人有看到自己的分身就会死掉的传闻。而耿鬼正是影子神奇宝贝，所以这个什么都市传说很自然的不攻自破

15。错误的进化路线

以前我还真相信的==。由于巴大蝴的形象很像毛球，因此很多人就传出，巴大蝴才是毛球的进化型。只不过游戏推出时才发现程序设计失误导致双方的进化型交换，后来干脆将错就错了。在后来，还加了点恐怖的因素和诅咒的因素。

不过，后来经过解析ROM发现，巴大蝴家族的内部编号(内部编号代表神奇宝贝添加进游戏的先后顺序，例如铁甲暴龙就是第一个创造的001)是连在一起的，证明设计师在一开始便将其放在了一起。而毛球和末入蛾的编号虽然不连贯，但是都在巴大蝴家族的前面。因此这个说法便被打破了。